Lucigen NxSeq® AmpFREE Low DNA Library Kit

Získejte více kvalitních výsledků z každé knihovny pomocí tohoto Illumina-kompatibilního, vysoce efektivního a cenově dostupného Fragment DNA Library Kitu

  • - Čistější data
  • - Vysoce efektivní knihovna
  • - Delší "ready" z problematických FFPE vzorků
  • - Excelentní sekvenační data
  • - Minimální GC zkreslení
  • - Výhodnější cena
  • - Rychlejší a jednodušší příprava

Kit pro přípravu knihoven s nejvyšší účinností při minimálním vstupním objemu DNA, bez nutnosti PCR amplifikace a při nejnižších nákladech.

  • Malý vstupní objem: Je třeba pouze 75 ng fragmentované vstupní DNA pro úspěšné zpracování vzorku.
  • Vysoká efektivita: Optimalizovaný adaptor ligace dává vzniknout knihovně lépe sekvenovatelných fragmentů, což vede k lepšímu pokrytí & hloubce a to jak v jednoduchých, tak v multiplex knihovnách.
  • bez nutnosti PCR: Zabraňuje vzniku PCR artefaktů a zajistí homogennější pokrytí.
  • Fast:2 hodiny, 10 minut požadující protokol vede k úspoře času.

NGS sekvenace se dělají proto aby uživatel získal důležitá data a maximum informací z každého vzorku. Aby to bylo možné, je třeba nejprve připravit co nejkvalitnější knihovnu fragmentů. Proto je vhodné použít ten nejdokonalejší kit pro přípravu knihoven.

The NxSeq® AmpFREE Low DNA Library Kit umožní vytvořit nejkvalitnější knihovnu DNA fragmentů, jakou je možné vytvořit. Optimalizovali jsme každý krok protokolu tak aby umožnil dosáhnout maximálního výkonu na sekvenátorech Illumina. Kromě toho, tento kit požaduje pouze 75 ng fragmentované DNA a knihovna je hotová za přibližně 2 hodiny.

 

Vysoce efektivní knihovna

Více sekvenovatelných DNA fragmentů v knihovně = Kvalitnější data

Obr 1. Procentuální podíl DNA knihovny s korektně ligovanými adaptory, měřeno pomocí qPCR. Duplikáty knihoven byly připraveny různými kity z různých organismů (Human, Staphylococcus aureus, Rhodobacter sphaeroides (1 knihovna), a E. coli) dle pokynů výrobce týkajících se vstupních objemů a protokolů. Efektivita ligace adaptorů byla stanovena pomocí qPCR pomocí KAPA Library Quantification Kit (Complete ROX Low, cat #KK4873) a odpovídající amplifikační knihovny jako vnitřního standardu.

 

 

 

 

 

Delší "ready" z problematických FFPE vzorků

Lepší knihovna poskytne lepší čtení sekvence v rámci knihovny

Kit pro přípravu knihovny DNA na vstupu Celkový počet "readů" na knihovnu
Staphylococcus aureus E. coli K12
NxSeq® AmpFREE Low DNA Library Kit 75 ng 5,649,946 4,305,882
Kapa Hyper Prep Kit 250 ng 4,838,726 (-15%) 1,647,452 (-62%)
Illumina TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit 1 µg 38,768 (-99%) 1,543,558 (-64%)

Obr 2. Počet sekvenčních "readů" generovaný na knihovnu po multiplexaci a analýze na přístroji MiSeq. Knihovny DNA fragmentů byly připraveny paralelně pro každý kit/organismus dle pokynů výrobce, týkajících se vstupních kvant a protokolů. Knihovny byly kvantifikovány a normalizovány na nM pomocí systémů Bioanalyzer (velikost) a Qubit Fluorometer (množství). Equimolární kvanta z jednotlivých knihoven byly multiplexovány a sekvenovány pomocí MiSeq systému s 2 ×150 bp chemií. Zobrazené je získané množství sekvenčních readů, stejně tak jako pokles v procentech (%) v celkovém množství readů, vzhledem k odpovídajícím výsledkům NxSeq AmpFREE Kitu.

 

Minimální GC zkreslení

Obr 3. Zkreslení sekvence měřené pro tři různé organismy s různým obsahem GC. Knihovna DNA fragmentů byla připravena pomocí gDNA tří různých organismů s různým obsahem GC bazí (Staphylococcus aureus, 24% GC; E. coli K12, 50% GC; a Rhodobacter sphaeroides, 68% GC) dle pokynů výrobce. Vzorky byly kvantifikovány pomocí systémů Bioanalyzer a Qubit fluorometer a normalizovány na konečnou koncentraci 2 nM . Pět µL z každé knihovny bylo sekvenováno pomocí MiSeq za použití 2 x 150 bp v2 chemie a analyzováno. Normalizované pokrytí bylo vypočteno jako podíl (průměrné pokrytí všech oken s X% GC obsahem) a (celkové průměrné pokrytí). 

 

Rychlejší protokol s podstatně nižšími nároky na čas přípravy

 

 

  • No comments found