Lidské patogenní viry během svého šíření přirozeně mění svůj genom a úspěšnější tak jsou varianty, které mají lepší schopnost přenosu mezi hostiteli (mají vyšší afinitu k receptoru, lépe pronikají do hostitelské buňky). Variant viru SARS-CoV-2 vzniklo v průběhu jeho šíření již tisíce, ty významné jsou známé především podle země jejich první identifikace. V současné době je tedy nejčastěji uváděna varianta britská a jihoafrická.
Britská mutace viru SARS-CoV-2 byla identifikována v září roku 2020 na jihovýchodě Velké Británie. Tato linie je označována jako B.1.1.7 a v ČR byl její výskyt potvrzen Státním zdravotním ústavem 16.1.2021. Linie kumuluje několik mutací, z nichž nejvýznamnější jsou N501Y (mutace vazebného místa pro receptor ACE2) a dále delece 69-70 (pravděpodobný únik před imunitní odpovědí).
Další zemí, kde byla potvrzena nakažlivější forma viru SARS-CoV-2, je Jihoafrická republika. Tato varianta viru se liší od britské a je označována jako 501Y.V2. Je charakterizována záměnami aminokyselin K417N, E484K, N501Y, v doméně, kterou se virus váže na ACE2 receptor. Podle posledních informací zatím tato varianta na území ČR zaznamenána nebyla, její výskyt je však již i díky námi dodávaným soupravám potvrzen v rakouské spolkové zemi Tyrolsko.
Náš dodavatel souprav pro molekulární diagnostiku, rakouská firma Procomcure, rychle zareagovala na měnící se situaci a vyvinula spektrum real-time PCR diagnostiky, které umožňuje rychlou a spolehlivou detekci výše uvedených mutovaných alel. Soupravy je možné použít na běžných real-time PCR cyclerech, disponujících detekčními kanály FAM a HEX/VIC, v jednom kanále je vždy odečítán signál pro WT alelu a ve druhém pro mutantní variantu. V případě britské varianty naše soupravy již pomohly potvrdit její výskyt v populaci na několika velkých tuzemských klinických pracovištích.
K dispozici/v přípravě jsou aktuálně následující soupravy:
| DOSTUPNOST | STATUS | MUTACE | ZNÁMÉ KMENY | EFEKT |
|---|---|---|---|---|
| na trhu | CE IVD | N501Y | Ohio (CoH.20G/501Y), B.1.1.248 (P.1), B.1.1.7, B.1.351 | RBD (zesílená vazba na ACE) |
| na trhu | RUO | K417N | B.1.351 (ZA, 501.V2) | RBD (ACE binding domain) |
| na trhu | RUO | del HV69/70 | B.1.1.7 (UK), DK mink V, B.1.346, B.1.525 | únik imunitní reakci |
| na trhu | RUO | E484K | B.1.1.248 (P.1, P.2), B.1.525, B.1.351 | únik imunitní reakci |
| na trhu | RUO | D614G | B.1.1.248 (Japan/Brazil, P.1,P.2),B.1.1.7, B.1.14, B.1.258, B.1.351, DK mink V, B.1.177, 20A.EU2, CoH.20G, B.1.429 (celosvětově) | RBD (zesílená vazba na ACE) |
| na trhu | RUO | P681H | B.1.1.7, Nigeria | štěpící místo pro furin |
| na trhu | RUO | N439K | B.1.141, B.1.258 | ACE vazba, únik imunitní reakci |
| na trhu | RUO | V1176F | B.1.1.248 (P.2) | zvýšená mortalita |
| 1-2 týdne | RUO | S477N | 20A.EU2, Australia | RBD (zesílená vazba na ACE) |
| 1-2 týdne | RUO | A222V | B.1.177 (20A.EU1) | únik imunitní reakci |
| 2-3 týdne | RUO | T265I | CoH.20G/501Y, COH.20G/Q677H, CAL.20C | neznámý |
| 2-3 týdne | RUO | L452R | B.1.429 (Cal.20C) | neznámý |
| 2-3 týdne | RUO | Q677H | CoH.20G/Q677H, B.1.525 | neznámý |