2 typy kitů pro detekci mutací S-genu v koronaviru SARS-CoV-2
- PowerChek™ SARS-CoV-2 S-gene Mutation Detection Kit (KOG-R6907)
Pentaplexní test v jedné zkumavce : SARS-CoV-2 (N-gen), N501Y, E484K, K417N, IC - PowerChek™ SARS-CoV-2 S-gene Mutation Detection Kit Ver. 1 (KOG-R6908)
Dva pentaplexní testy ve dvou zkumavkách:
Zkumavka 1: SARS-CoV-2 (N-gen), N501Y, E484K, K417N, IC (exogenní RNA kontrola)
Zkumavka 2: SARS-CoV-2 (RdRP), P681R, E484Q, L452R, IC (GAPDH)
Jednokrokové multiplexní testy RT-PCR v reálném čase umožňují rozlišení všech významných nových variant SARS-CoV-2
Význam sledování variant SARS-CoV-2
- Varianty SARS-CoV-2 mohou nejen narušit vytváření komunitní imunity prostřednictvím očkování, ale také prevenci a účinnost léčby.
- Je nezbytné monitorovat varianty SARS-CoV-2, abychom zabránili dalšímu šíření COVID-19 a vytvořili účinná karanténní opatření.
Zjištění mutace RBD* v S-genu
- Spike protein (S-protein) viru SARS-CoV-2 hraje klíčovou
roli při rozpoznávání receptoru, přichycení na hostitelskou buňku a pronikání
do těla.
- Proto je sledování mutace domény vázající receptor (RBD) v S-genu, genu kódujícím S-protein, nesmírně důležité.
* RBD = Receptor Binding Domain = Struktura proteinu, která se váže na receptor a umožňuje vstup viru do buňky
Varianty dle mutace v RBD
Klasifikace | Varianta | Místo prvního popsání | WHO značka |
VOC | B.1.1.7 | UK | Alfa |
VOC | B.1.351 | Jižní Afrika | Beta |
VOC | P.1 | Brazílie / Japonsko | Gamma |
VOC | B.1.427 / 429 | USA - Kalifornie | Epsilon |
VOI | B.1.617.2 | Indie | Delta |
VOI | B.1.617.1 | Indie | Kappa |
VOI | B.1.617 / B.1.617. 3 | Indie | - |
VOI | P.2 | Brazílie | Zeta |
VOI | B.1.525 | UK | Eta |
VOI | B.1.526.1 | USA - New York | - |
Interpretace výsledků
* Přestože je v kanálu Cy-5 detekován gen N nebo RdRP. výsledky bylo možné určit dle Tabulky
** Pokud je hodnota Ct pro gen N a gen RdRP viru SARS-CoV-2 v Cy-5 vyšší než 35, je nutné komplexně zkontrolovat a analyzovat genomové sekvence.
† Detekce ERC ve zkumavce P1 a GAPDH ve zkumavce P2 v Quasar 705 (Alexa Fluor 680 není nutná pro pozitivní výsledek testování variant SARS-CoV-2. Vysoký počet kopií specifického cílového genu může vést ke sníženému nebo chybějícímu signálu vnitřní kontroly
†† Mutace E484K byla identifikována jako B.1.525, P.2, více sekvencí B.1.1.7 nebo v jiných variantách. Proto se doporučuje, aby vzorky pouze s mutací E484K byly potvrzeny sekvenováním genomu.
‡ Pokud se jedná o případ uvedený v bodě 11, je nutné komplexně zkontrolovat a analyzovat genomové sekvence.
‡‡ Opakujte extrakci ze zbytkového vzorku pacienta a proveďte test znovu. Existuje podezření na špatnou výtěžnost RNA nebo na inhibici RT PCR. Pokud je opakovaný výsledek stále "invalid", oznamte výsledek odesílateli a doporučte odběr nového vzorku.
Seznam dostupných testovacích souprav
Kat.č. | Souprava | Balení |
R6907Q | PowerChek™ SARS-CoV-2 S-gene Mutation Detection Kit (pro cyclery PowerAmp96™ Dx, Rotorgene Q a CFX96) | 100 rxn |
R6907T | PowerChek™ SARS-CoV-2 S-gene Mutation Detection Kit (pro cyclery ABI 7500 Standard, ABI 7500 Fast, and QuantStudio 5) | 100 rxn |
R6908Q | PowerChek™ SARS-CoV-2 S-gene Mutation Detection Kit Ver.1 (pro cyclery PowerAmp96™ Dx, Rotorgene Q a CFX96) | 100 rxn |
Další testovací soupravy pro SARS-CoV-2
Kat.č. | Souprava | Balení |
IR6902 | PowerChek™ SARS-CoV-2 Real-time PCR Kit | 100 rxn |
R6900TD | PowerChek™ 2019-nCoV Real-time PCR Kit | 100 rxn |
IR6906 | PowerChek™ SARS-CoV-2 Advanced Real-time PCR Kit | 100 rxn |