2 typy kitů pro detekci mutací S-genu v koronaviru SARS-CoV-2

  1. PowerChek™ SARS-CoV-2 S-gene Mutation Detection Kit (KOG-R6907)
    Pentaplexní test v jedné zkumavce : SARS-CoV-2 (N-gen), N501Y, E484K, K417N, IC

  2. PowerChek™ SARS-CoV-2 S-gene Mutation Detection Kit Ver. 1  (KOG-R6908)
    Dva pentaplexní testy ve dvou zkumavkách:

           Zkumavka 1:  SARS-CoV-2 (N-gen), N501Y, E484K, K417N, IC (exogenní RNA kontrola)

           Zkumavka 2:  SARS-CoV-2 (RdRP), P681R, E484Q, L452R, IC (GAPDH)

Jednokrokové multiplexní testy RT-PCR v reálném čase umožňují rozlišení všech významných nových variant SARS-CoV-2


Význam sledování variant SARS-CoV-2

  • Varianty SARS-CoV-2 mohou nejen narušit vytváření komunitní imunity prostřednictvím očkování, ale také prevenci a účinnost léčby.
  • Je nezbytné monitorovat varianty SARS-CoV-2, abychom zabránili dalšímu šíření COVID-19 a vytvořili účinná karanténní opatření.


Zjištění mutace RBD* v S-genu

  • Spike protein  (S-protein) viru SARS-CoV-2 hraje klíčovou roli při rozpoznávání receptoru, přichycení na hostitelskou buňku a pronikání do těla.
  • Proto je sledování mutace domény vázající receptor (RBD) v S-genu, genu kódujícím S-protein, nesmírně důležité.

* RBD = Receptor Binding Domain = Struktura proteinu, která se váže na receptor a umožňuje vstup viru do buňky


Varianty dle mutace v RBD

Klasifikace

Varianta

Místo prvního popsání

WHO značka

VOCB.1.1.7
UKAlfa
VOC
B.1.351
Jižní AfrikaBeta
VOC
P.1
Brazílie / JaponskoGamma
VOC
B.1.427 / 429
USA - KalifornieEpsilon
VOIB.1.617.2
IndieDelta
VOI
B.1.617.1IndieKappa
VOI
B.1.617 / B.1.617. 3Indie-
VOI
P.2
BrazílieZeta
VOI
B.1.525UKEta
VOI
B.1.526.1USA - New York-


Interpretace výsledků

*    Přestože je v kanálu Cy-5 detekován gen N nebo RdRP. výsledky bylo možné určit dle Tabulky

**  Pokud je hodnota Ct pro gen N a gen RdRP viru SARS-CoV-2 v Cy-5 vyšší než 35, je nutné komplexně zkontrolovat a analyzovat genomové sekvence.

†   Detekce ERC ve zkumavce P1 a GAPDH ve zkumavce P2 v Quasar 705 (Alexa Fluor 680 není nutná pro pozitivní výsledek testování variant SARS-CoV-2. Vysoký počet kopií specifického cílového genu může vést ke sníženému nebo chybějícímu signálu vnitřní kontroly

†  Mutace E484K byla identifikována jako B.1.525, P.2, více sekvencí B.1.1.7 nebo v jiných variantách. Proto se doporučuje, aby vzorky pouze s mutací E484K byly potvrzeny sekvenováním genomu.

    Pokud se jedná o případ uvedený v bodě 11, je nutné komplexně zkontrolovat a analyzovat genomové sekvence.

  Opakujte extrakci ze zbytkového vzorku pacienta a proveďte test znovu. Existuje podezření na špatnou výtěžnost RNA nebo na inhibici RT PCR. Pokud je opakovaný výsledek stále "invalid", oznamte výsledek odesílateli a doporučte odběr nového vzorku.



Seznam dostupných testovacích souprav

Kat.č.

Souprava

Balení

R6907Q
PowerChek™ SARS-CoV-2 S-gene Mutation Detection Kit (pro cyclery PowerAmp96™ Dx, Rotorgene Q a CFX96)
100 rxn
R6907T
PowerChek™ SARS-CoV-2 S-gene Mutation Detection Kit (pro cyclery ABI 7500 Standard, ABI 7500 Fast, and QuantStudio 5)
100 rxn
R6908Q
PowerChek™ SARS-CoV-2 S-gene Mutation Detection Kit Ver.1 (pro cyclery PowerAmp96™ Dx, Rotorgene Q a CFX96)
100 rxn


Další testovací soupravy pro SARS-CoV-2


Kat.č.

Souprava

Balení

IR6902
PowerChek™ SARS-CoV-2 Real-time PCR Kit
100 rxn
R6900TD
PowerChek™ 2019-nCoV Real-time PCR Kit
100 rxn
IR6906
PowerChek™ SARS-CoV-2 Advanced Real-time PCR Kit
100 rxn